El origen del color no puede ser actualmente determinado.
Muchas gemas se tratan de manera rutinaria con diferentes métodos para mejorar o modificar su color. En algunos casos, tratamientos como la irradiación o el calentamiento no pueden ser detectados.
Tratamiento térmico
Hay una gran cantidad de gemas que pueden ser sometidas a bajas temperaturas para mejorar o modificar el color de la gema. También es posible que este proceso de calentamiento se produzca de manera natural en la naturaleza. Poder determinar si este calentamiento ha sido por influencia artificial o natural es extremadamente difícil, si no imposible con los métodos de análisis actuales.
Irradiación
Algunas gemas pueden ser sometidas a irradiación para mejorar o modificar su color. Generalmente, no se pueden detectar restos de radioactividad residual en estas gemas. Sin embargo, durante el crecimiento natural de la gema también puede haber sido naturalmente irradiada. Poder determinar si la irradiación ha sido por influencia artificial o natural es extremadamente difícil, si no imposible con los métodos de análisis actuales.
En la tabla que se puede consultar a continuación se pueden ver qué gemas pueden haber sido posiblemente sometidas con tratamiento térmico o irradiación. La frecuencia de estos tratamientos abarca los que se dan usualmente (como en el caso de las turmalinas rosas rojizas); a los que se dan en casi todas las ocasiones (como las tanzanitas). En la lista no aparecen todas las gemas en su totalidad, pero se especifican las más habituales.
Tratamiento de difusión
En los zafiros amarillos y/o naranjas no es posible descartar el tratamiento de difusión.
| Especie | Variedad/Color | Calentamiento | Irradiación | |
| Berilo | Aguamarina | x | ||
| Morganita | x | o | x | |
| Dorado | x | o | x | |
| Heliodoro | x | |||
| Verde | x | o | x | |
| Cuarzo | Citrino | x | o | x |
| Ahumado | x | |||
| Prasiolita | x | o | x | |
| Topacio | Azul | x | ||
| Marrón | x | |||
| Imperial | x | |||
| Turmalina | Rosa a rojo | x | ||
| Azul | x | o | x | |
| Verde | x | o | x | |
| Paraiba | x | |||
| Espodumena | Kunzita | x | ||
| Zircón | Azul | x | ||
| Incoloro | x | |||
| Rojo | x | |||
| Zoisita | Tanzanita | x | ||
| Fluorita | Azul | x | ||
| Apatito | Azul | x | ||
| Diamante | Negro | x |
